Legkésőbb 430-ban Valeria tartomány – Pannonia többi részével együtt – a hunok kezére került. A népvándorlással megszűnő római uralommal távozott az adminisztráció és a romanizált lakosság egy része is Sopianaeból. 

Iszapos üledékréteg a népvándorlás korból
Iszapos üledékréteg a népvándorlás korból a Cella Septichorában 
Fotó: Tóth Zsolt

Nincs arra vonatkozó adat, hogy ezután megmaradt-e a püspökség, mint egyházszervezeti egység és ha igen, meddig. Ami bizonyos: nem került elő olyan sírkamra, amelyet ne raboltak volna ki. Egy részük vélhetőleg már a római uralom időszakában áldozatul esett a fosztogatóknak, de legkésőbb ebben az időszakban a többit is kirabolták. Az új jövevények a temető kőépületeinek egy részét bizonyíthatóan lakhatásra is használták (pl. az Ókeresztény Mauzóleumot).  

A hun uralom (430-as évektől 454-ig) után gót (456–473), langobard (510-es évektől 568-ig), avar (568–811), majd Karoling uralom (811–896) következett. A temető magára hagyott, gondozatlan kőépítményei az idők folyamán pusztulásnak indultak. Ezt az ásatásokon vastag törmelékréteg jelezte. A karbantartás hiánya miatt a vízelvezető árkok feltöltődtek esővízzel, a Mecsek oldaláról érkező hordalék elborította a területet. Ez az ásatások során az egész területén sötétszürke, iszapos, agyagos, törmelékes rétegként jelentkezett. A népvándorlás kor végére már csak néhány romos épület maradt látható a mintegy ötszáz évvel korábbi temetőből.