A Szent István által 1009-ben alapított pécsi püspökség az ókeresztény temető északnyugati területén alakult ki; a hely szakrális jellege átöröklődött a középkorra. Később a Püspökvár különböző védművei kerültek az ókori emlékek fölé, közé.
Elszenesedett paliszád a szétlőtt rondella előterében
Fotó: Kismányoki Károly
Nincs rá bizonyíték, hogy a római kori Sopianae területe őseink érkezésekor lakott lett volna. Mindenesetre a Szent István által 1009-ben megalapított pécsi püspökség az ókeresztény temető északnyugati sarkában rendezkedett be, a hely szakrális jelentősége átöröklődött a középkor időszakára. Itt épült meg a székesegyház is, melynek környezetében megtelepedés mutatható ki. Ez a településrész legkésőbb a tatárjárás idején (1241–42) megszűnt.
A tatárjárás után kezdték el a mai székesegyház környékét komolyabb mértékben megerősíteni, várrá kiépíteni (Püspökvár), amelyet az elkövetkező századok folyamán többször kiegészítettek és átépítettek. Szerkezetileg egy belső várra és egy külső várra tagolódik. A belső vár egy keleti, déli és nyugati épületszárnyból, valamint az északi oldalon álló székesegyházból állt. A belső vár köré a 14-15. században egy külső védgyűrűt húztak, amelynek a falát a 15. század vége felé főként a tűzfegyverek (ágyú) terjedésének és tökéletesedésének hatására tovább erősítették. A külső vár körül egy széles és mély, “V” keresztmetszetű várárkot létesítettek. 1543-ban a város török fennhatóság alá került, ahonnan 1686-ban szabadult fel. A Látogatóközpont területére a Püspökvár keleti része és délkeleti sarka esik – a középkori várfalak több helyen jól megfigyelhetők.
A római korban temetőként használt terület a középkor századaiban a település területére, annak északnyugati részére esett. Az Árpád-kori telep helyén a Püspökvár falai emelkedtek. A Látogatóközpont bejárata nagyjából a várárok külső, déli szélére esik, azaz amikor belépünk a kiállítótérbe tulajdonképpen áthaladunk a várárkon.
A Cella Septichorától délre az Árpád-kori településhez tartozó lakó- és munkagödrök, valamint kemencék kerültek elő, amelyek a középkori Pécs legkorábbi településének részét képezhették. Innen származik az a kincslelet is (52 darab ezüstdénár), amelyet egy kettétört marhalábszárcsontban rejtettek el a tatárjárás idején (1241-42).
A látogatóközpont folyosójának falában és a rács alatt látható kőfalmaradvány a Püspökvár 15. század végén épült délkeleti rondellájának (kör alaprajzú bástya) a fala. A folyosó helyén lévő szakaszon már a 2005–2006. évi ásatáson is hiányzott a fal nagy része, mely 1686-ban, a töröktől való visszafoglaló harcok idején pusztult el az ostromló keresztény seregek ágyútüzétől. A védők facölöpökkel pótoltak ideiglenesen a hiányzó falrészt. Kisebb szenzáció volt, mikor a 2005-2006. évi ásatás során a korabeli ábrázoláson is látható cölöpök előkerültek a várárok betöltésében.
A Cella Septichorától délkeletre lévő falak, valamint árok a Püspökvár védrendszeréhez tartoztak. A V keresztmetszetű árok altalajba mélyített része látható. A mellette elhelyezkedő Cella Septichora falait szerencsére nem rombolták el ásásakor, egy téglasírt azonban átvágtak vele. Ez látható az árok északi oldalában. Az árkot később betöltötték, helyén a várhoz tartozó védmű létesült.
A Cella Septichora bejárata előtti folyosó nyugati oldalában a külső vár keleti fala és délkeleti sarka látható, amelyhez az átépítések során újabb falat toldottak hozzá. Ilyen kiegészítés a délkeleti rondella is.
A plebániaépület alatt áthaladva, a Dóm tér alatt két vaskos középkori fal a III. számú sírkamra két oldalán a középkori belső vár keleti oldalát képező épületszárny falai. Építésükkor római kori sírokat és sírépítményeket roncsoltak, vágtak át. A belső várhoz tartozó várárok egy szakasza a plébánia és a levéltár közti átjáróban került elő, amelyet a külső várfal építésekor feltöltöttek. Létezik olyan vélemény szakmai körökben, hogy a belső vár keleti oldalán álló épületben lehetett a középkori egyetem helye. Az épület török hódoltság kori maradványait a 18. század második felében az akkori földfelszínig visszabontották. Helyére kívánták a Káptalani Levéltárat építeni, de azt a megtalált Péter-Pál sírkamra miatt az – antik emléket megóvandó – keletebbre húzták fel még azon az áron is, hogy a Püspökvár keleti falait ehhez le kellett rombolni.