Sopianae ókeresztény temetőjének kutatástörténete több mint két évszázadra nyúlik vissza. A 18-tól a 21. századig több tucat temetői építményt tártak fel; ezek közül ma 14 látogatható a nagyközönség számára. 

Visy Zsolt ásatásvezető és Szijártó Kálmán régésztechnikusVisy Zsolt ásatásvezető és Szijártó Kálmán régésztechnikus a XX. számú sírkamra előtt
Fotó: Kismányoki Károly

A temető kutatástörténete 1716-ig vezethető vissza, amikor a Széchenyi téri jezsuita rendház (ma a Ciszterci Rend Nagy Lajos Gimnáziuma) építésekor a források szerint egy festett sírkamra került elő. Ezt azonban akkor nem őrizték meg, így a ma is meglévő, látható emlékek közül a Péter-Pál sírkamrát tekintjük elsőnek a sorban.

A Péter-Pál sírkamra 1782-ben került elő, amikor a Káptalani Levéltár épületének az alapjait ásták. Koller József kanonok úgy döntött, hogy a levéltár épületét inkább áthelyezik keletebbre, hogy megtarthassák a sírkamrát és ezzel példát mutassanak műemlékvédelemből a jövő számára a. Ettől kezdve – előkerülésük sorrendjében – számozzuk a sírkamrákat, így a Péter-Pál sírkamra kapta az I. számot. Ettől kezdve előkerülésük sorrendjében számozzuk a sírkamrákat és egyéb temetői építményeket (bár a kutatók véleménye eltér abban, hogy pontosan hány sírkamrát rejt a föld, és ezek közül melyek a valóban ókeresztény temetői épületek).

Ugyancsak ismert lehetett már a 18. században a Korsós sírkamra, melyet először Henszlmann Imre írt le, és kísérelte meg a falfestmények megóvását az 1860-as években. Ezután Gosztonyi Gyula, egyházmegyei főépítész végzett itt feltárásokat 1939-ben (ekkor mutatták be először a sírkamrát), végül Fülep Ferenc, a római kori Sopianae kutatója, a Nemzeti Múzeum főigazgatója tárta fel a sírkamrát 1964-ben. Ez a sírkamra viseli a II. számot.

1913–14-ben Möller István építész tervei alapján védőépület készült a Péter-Pál sírkamra köré, és ezt egy folyosó kötötte össze a külvilággal. Ezeknek az építkezéseknek a során került elő a III. számú sírkamra a folyosó vonalában, illetve a IV. számú, festetlen, vakolt sírkamra a Péter-Pál sírkamrától nyugatra, továbbá az V. számú, ún. Nyolcszögletű sírkamra nyugati fala a Péter-Pál sírkamra keleti oldala mellett. Lévén, hogy ez nagyon közel esik a Káptalani Levéltár épületéhez, nem tárták fel teljesen, mivel a földtámaszt akkor nem lehetett elbontani a levéltár alapjaitól.

1922-ben került elő a VI. számú sírkamra a Dóm előtti tér nyugati felében, valamint a Püspöki Palota és a Székesegyház közt lévő Cella Trichora. Ekkor Szőnyi Ottó, majd 1955-ben Fülep Ferenc végzett kutatásokat ezeken a lelőhelyeken.

1927-ben csatornázási munkák közben bukkantak a X. számú sírkamrára, mely sajnos nagyon rossz állapotban került elő. Ugyanekkor találtak rá először a Cella Septichora falaira is, de a részletes kutatás ekkor még nem történt meg.

1938–40-ben Gosztonyi Gyula körbeásatta a Cella Septichora falvonalát, s így tisztázta annak alaprajzát. A déli apszisokat és a keletit teljesen feltárta, az épület középső részét azonban csak részlegesen kutatták akkor meg (akárcsak az V. számú sírkamra esetében, ő sem bonthatta el a levéltár, illetve plébánia épületétől a földtámaszt). Ugyanebben az évben került elő a Szent István téren a XI. és XII. számú sírkamra, bár ezek keltezése (sőt, valójában elhelyezkedése is) ellenőrző ásatások hiányában bizonytalan.

Török Gyula és Radnóti Aladár tárta fel a VII. és VIII. számú sírkamrákat az 1940-es évek elején.

1969-ben, a pezsgőgyár irodaépületének bővítésekor tárta fel Fülep Ferenc a XIII. számú sírkápolnát és környékét. Ugyanekkor került elő, a XIV. számú sírkamra is, meglehetősen rossz állapotban.

1975–1976 során történt meg, szintén Fülep Ferenc vezetésével, a Szent István téri, lépcsős vízesés helyén előkerült Ókeresztény Mauzóleum feltárása, restaurálása, majd – Bachman Zoltán tervei alapján – bemutatása. Ez volt az első föld alatt bemutatott sírkamra, melyet a nagyközönség is látogathatott.

Az ezredforduló kutatásai

1999. és 2002. között került sor a Péter-Pál sírkamra újbóli, illetve az V. számú sírkamra immár teljes feltárására Kárpáti Gábor vezetésével. Ettől kezdve látogathatta a nagyközönség az I. (Péter-Pál), a III. és a IV. számú sírkamrákat (az V. számú sírkamra védőépülete csak később készült el). Ezen feltárások során került elő az a bronz krisztogram, amely később a pécsi világörökség szimbóluma lett – és ugyancsak ekkor, 2000-ben lett világörökség az ókeresztény temető.

2003–2004 során Kárpáti Gábor, majd Gábor Olivér vezetésével feltárták a XIX. sírkamrát, melyre az V. számú sírkamra védőépületének építésekor bukkantak.

2004–2005-ben Gábor Olivér, majd Visy Zsolt vezetésével megtörtént a XX. sírkamra feltárása is – ez a XIX. sírkamra ásatásakor került elő először, de mivel a Dóm téren lévő, ballusztrádos támfal alapozása ráesett, csak a későbbiekben sikerült teljesen feltárni.

2005–2006-ban került sor a Cella Septichora és környéke teljes, immár régészeti szempontú feltárására Visy Zsolt vezetésével, valamint a védőépület megépítésére Bachman Zoltán tervei alapján.

Az ásatások során a Cella Septichorától keletre, a közműkiváltások árkaiban került elő a XXI., XXII. és XXIII. számú sírkamra, ezek teljes kutatása azonban egyelőre nem történhetett meg. Ugyancsak ezen ásatás idején történt meg a XXIV. számú sírkamra részleges kutatása is. Ez már a Cella Septichora leendő védőépületébe is benyúlt volna, de anyagi és technikai okokból nem kerülhetett be az új bemutatótérbe, amely – a Cella Septichora mellett – immár összeköti az egymástól eddig elválasztva bemutatott I., II., III., IV., V., XIX. és XX. sírkamrákat is. 

2009-ben Tóth Zsolt feltárt egy késő római, feltehetőleg ókeresztény sírkamrát a Széchenyi téren. Mivel a középkori Szent Bertalan-templom északi oldalhajója ráépült a sírkamrára, nem lehetett teljes mértékben feltárni, de úgy tűnik, nem volt a föld felszíne fölé emelkedő felépítménye.

2010-ben, a Tóth Zsolt vezette ásatáson került elő a Janus Pannonius u. 10. számú telken (a Rózsakert területén) egy újabb Cella Trichora, amelynek – a korábban már ismert, hasonló épülettől eltérően – sírkamrája is van. Az újabb Cella Trichorát 2011-ben sikerült teljes mértékben feltárni, de anygi eszközök híján bemutatása egyelőre nem lehetséges. 

2014-ben Tóth Zsolt újból feltárta a már korábban ismert Cella Trichorát és közvetlen környékét is, és újabb adalékokkal gazdagította az ismereteinket. Immár kétségtelenül beigazolódott, hogy ez az épület is ókeresztény eredetű (korábban egyes kutatók kora középkorinak tartották).